【佳學基因檢測】從基因檢測查找突變到基因解碼解析乳腺癌基因突變的根源

根據《腫瘤的發(fā)生、惡化與治療效果的基因解碼》腫瘤微環(huán)境（TME）的功能是由特定細胞的按照正確的空間組織協(xié)調而成的。腫瘤的致病基因鑒定基因解碼以基于基因序列變化與人體組成成份之間的功能分析來解析、解碼腫瘤微環(huán)境里特殊細胞。腫瘤基因解碼過程中，采用成像質量流式細胞術和與基因組和臨床數據相關的693例乳腺腫瘤的多層空間分析系統(tǒng)地繪制了原位腫瘤微環(huán)境結構。研究結果獲得了10種反復出現的腫瘤微環(huán)境結構，它們因血管內容物、基質靜止與激活以及白細胞組成而不同。這些腫瘤微環(huán)境結構在乳腺癌亞型中具有明顯的富集模式，其中一些與指示免疫逃逸的基因組圖譜相關。調節(jié)性和功能失調性T細胞共同出現在大型“抑制性擴張”結構中。這些結構的特點是細胞多樣性高，細胞增殖，BRCA1和CASP8突變富集，預測雌激素受體陽性疾病的預后較差。這里揭示的多細胞結構將保守的空間組織與局部腫瘤微環(huán)境功能聯(lián)系起來，可以優(yōu)化患者分層。這標志著基因檢測不僅可以用來發(fā)現患者腫瘤中已經出現的突變，采用基因解碼技術，更可以揭示突變的來源。
 

乳腺腫瘤微環(huán)境（TME）包含以高度協(xié)調的方式活動的特殊細胞。為了讓基因檢測更正確，乳腺癌基因解碼采用單細胞分析揭示了腫瘤微環(huán)境細胞多樣性的程度，以期解決這些細胞在空間中的組織方式。很明顯，特征性的多細胞空間組織會影響腫瘤表型和治療反應。例如，三級淋巴結構（TLS）的存在與黑色素瘤和肉瘤的免疫治療反應有關?，F在有幾種方法可以對組織進行高度復用成像，從而在空間關系的背景下實現正確的細胞分類。利用這些技術分析實體瘤已經開始揭示支配腫瘤微環(huán)境組織的原理。而腫瘤環(huán)境的致病基因基因鑒定基因解碼則關注對對乳腺癌隊列中腫瘤微環(huán)境結構的有針對性的分析，隊列的規(guī)模足以涵蓋其特征異質性。

一個相關的問題是，腫瘤細胞內的體細胞改變是否會影響腫瘤微環(huán)境組織。一些致癌基因的改變具有修飾腫瘤微環(huán)境的副作用，而另一些改變則賦予受局部選擇壓力（如免疫捕食）影響的細胞適應性優(yōu)勢。例如，一些體細胞突變會導致免疫檢查點過度表達、抗原表達受損或干擾素信號異常，從而抑制免疫反應（IR）。因此，體細胞的改變可能引發(fā)級聯(lián)反應，改變細胞自我組織的方式。

為了研究乳腺癌中腫瘤微環(huán)境結構的景觀及其與基因組特征和臨床結果的關系，腫瘤的發(fā)病原因與有效治療研究組使用成像質量細胞術（IMC）從693名被招募參加代謝研究的患者中生成37維乳腺腫瘤圖像，將這些患者的臨床和正確用藥基因解碼基因檢測數據及致病基因基因鑒定基因檢測數據結合起來，從而明確了10種反復性腫瘤微環(huán)境結構，包括靜止的血管化基質和幾種與活動性IR相關的結構變體。這些腫瘤微環(huán)境結構與軀體改變和基因組乳腺癌亞型有明顯的相關性。調節(jié)性T細胞（Treg細胞）和功能失調的T細胞共同出現在具有高細胞多樣性和增殖性細胞的大型TME結構中，這預示著不良結果。這些經過整理的數據可以作為一種資源，結合對基因解碼分析方法的理解，為理解癌癥組織中空間組織原理的未來工作鋪平道路。